常用經典
大正藏的編號邏輯（為何四阿含、大般若等全本不連號）
《大正新脩大藏經》（1924–1934 年日本編）全藏 T0001–T2920 為連續流水號，先依「部類」分冊，部類內再依經典的系統與成立次序排列。經藏各部類的通則是「全本在前、單經異譯附後」：先列一部大經的完整譯本，緊接著列該經各品各卷歷代另譯的單行本，再換下一部大經。因此四阿含分在 T0001、T0026、T0099、T0125，大般若（T0220）之後跟著四十一部般若別行本，大寶積（T0310）之後跟著六十三部各會異譯——全本看起來「不連號」，其實是每部全本各自帶著自己的異譯成一組。論藏與中土撰述則依論書成立次序或所釋經論的順序排列。各部類的細節按該部類色帶右側「編號說明」。
阿含部
T0001 長阿含經（全本）之後接 T0002–T0025 長阿含各經的單譯本，再接 T0026 中阿含經（全本）與 T0027–T0098 其單譯本；T0099 雜阿含經之後是 T0100 別譯雜阿含、T0101 單卷雜阿含與 T0102–T0124 單譯本；T0125 增壹阿含經之後是 T0126–T0151 單譯本。四阿含全本因此分在 T0001、T0026、T0099、T0125。
本緣部
本緣部（T0152–T0219）收佛傳、本生、譬喻、因緣類經典，依「本生譬喻 → 佛傳 → 因緣」的次序排列，沒有「全本＋異譯」的主從關係，各經依序連號。
般若部
T0220 大般若波羅蜜多經（六百卷）居首，其後 T0221–T0261 為各部般若的別行本與異譯：放光・光讚・摩訶般若（大品系）、道行・小品（小品系）、金剛經六譯（T0235–T0239）、心經諸譯（T0250–T0257）、仁王般若等。同一部般若的各譯本相鄰。
法華部
法華部（T0262–T0277）：T0262 妙法蓮華經（羅什譯）、T0263 正法華經（竺法護譯）、T0264 添品妙法蓮華經三個譯本並列在前，其後為法華各品的單行經與開經《無量義經》（T0276）、結經《觀普賢行法經》（T0277）。
華嚴部
華嚴部（T0278–T0309）：T0278 六十華嚴、T0279 八十華嚴兩全本在前，T0280–T0292 為華嚴各品的單行經（兜沙經、十住經、漸備一切智德經等），T0293 四十華嚴（入法界品全譯）居後，T0294–T0309 為入法界品等的其他單行本。
寶積部
T0310 大寶積經（一百二十卷，四十九會）居首，T0311–T0373 為各會的別行本與異譯，依會次排列：無量壽經（第五會異譯，T0360–T0364）、阿閦佛國經、勝鬘經（T0353）等；觀無量壽經（T0365）、阿彌陀經（T0366–T0367）附於無量壽經之後。
涅槃部
涅槃部（T0374–T0396）：T0374 北本大般涅槃經（曇無讖譯四十卷）、T0375 南本（慧嚴等改治三十六卷）、T0376 六卷本大般泥洹經（法顯譯）三本並列在前，其後為涅槃後分、遺教經等相關經典。
大集部
T0397 大方等大集經（六十卷）居首，T0398–T0424 為各分的別行本與異譯（大哀經、寶女所問經、無盡意菩薩經等）；地藏菩薩本願經（T0412）因屬地藏系經典，附於大集日藏・月藏分之後。
經集部
經集部（T0425–T0847）收不成部類的大乘經，大致依「諸佛名號 → 菩薩行 → 三昧 → 如來藏（楞伽、金光明）→ 諸經」排列；同一經的各譯本相鄰（楞伽三譯 T0670–T0672、金光明二譯 T0663–T0665、藥師諸譯 T0449–T0451）。
密教部
密教部（T0848–T1420）：T0848 大日經與 T0865 金剛頂經兩大根本經典居首，其後依「大日經系 → 金剛頂系 → 蘇悉地 → 諸尊法（佛頂、觀音、文殊、明王等）→ 陀羅尼雜集」排列；楞嚴經（T0945）與大悲心陀羅尼經（T1060）分屬佛頂與觀音系。
律部
律部（T1421–T1504）：五部廣律各自成組——T1421 五分律、T1425 僧祇律、T1428 四分律、T1435 十誦律、T1442– 根本說一切有部律，每部廣律之後接該部的戒本與羯磨；其後為菩薩戒（梵網經 T1484、優婆塞戒經 T1488）與律論。
釋經論部
釋經論部（T1505–T1535）收解釋經典的印度論書，依所釋之經的次序排列：釋阿含之論在前，T1509 大智度論（釋大品般若）、T1521 十住毘婆沙論（釋華嚴十地）、法華論、無量壽經論等依序在後。
毘曇部
毘曇部（T1536–T1563）依說一切有部論書的成立次序：六足論（T1536–T1543）→ 發智論（T1544）→ T1545 大毘婆沙論 → 毘婆沙異譯 → T1558 俱舍論（及真諦譯 T1559）→ T1562 順正理論 → 顯宗論，其後為舍利弗毘曇、成實論等他部論書。
中觀部
中觀部（T1564–T1578）：T1564 中論、T1568 十二門論、T1569 百論三論居首，其後為 T1570 廣百論及其釋、龍樹諸論與提婆、清辨的論書；同一論的各注本相鄰。
瑜伽部
瑜伽部（T1579–T1627）：T1579 瑜伽師地論（一百卷）居首，其後 T1580–T1584 為其別行分與釋論，T1585 成唯識論及唯識二十・三十頌，再接攝大乘論三譯（T1592–T1594）及其釋、辯中邊論、莊嚴經論、百法明門論（T1614）、因明與陳那諸論。
論集部
論集部（T1628–T1692）收不入前列部類的印度論書：因明論（T1628–T1633）在前，T1666 大乘起信論（真諦譯）與 T1667（實叉難陀譯）並列，其後為寶性論、發菩提心論、那先比丘經等。
經疏部
經疏部（T1693–T1803）收中國祖師的經典註疏，依所釋之經在大正藏的順序排列：阿含疏 → 般若疏（金剛般若經疏 T1698 等）→ 法華疏（玄義 T1716、文句 T1718）→ 華嚴疏（T1735）→ 淨土三經疏（觀經疏 T1753、阿彌陀經義記 T1755）→ 楞嚴疏（T1799）等，同一經的各家註疏相鄰。
論疏部
論疏部（T1816–T1850）收中國祖師的論典註疏，依所釋之論在大正藏的順序：釋經論疏 → 俱舍論疏（俱舍論記 T1821）→ 中觀論疏（T1824）→ 唯識論疏（成唯識論述記 T1830）→ 起信論疏（義記 T1846）等。
諸宗部
諸宗部（T1851–T2025）依宗派分段：三論宗 → 天台宗（摩訶止觀 T1911、小止觀 T1915 等）→ 華嚴宗 → 法相宗 → 律宗 → 淨土宗 → 禪宗（六祖壇經 T2007–T2008、證道歌 T2014、禪源諸詮集都序 T2015、宗鏡錄 T2016、語錄與公案集 T1985–T2005、禪關策進 T2024）；同宗典籍依成書時代。
史傳部
史傳部（T2026–T2120）依體裁與時代排列：佛本行・部派史 → 印度祖師傳 → 中國僧傳（高僧傳 T2059、續高僧傳 T2060、宋高僧傳 T2061）→ 高僧行狀（慈恩傳 T2053）→ 禪宗燈錄（景德傳燈錄 T2076）→ 佛教通史（佛祖統紀 T2035）→ 西行求法記（大唐西域記 T2087）等。
事彙部
事彙部（T2121–T2136）收類書與事彙：經律異相（T2121）、法苑珠林（T2122）、諸經要集（T2123）依成書時代排列，其後為翻譯名義集等名相書。
目錄部
目錄部（T2145–T2184）收歷代經錄，依成書時代排列：出三藏記集（T2145，梁）→ 眾經目錄（隋）→ 大唐內典錄 → 開元釋教錄（T2154，唐）→ 貞元錄 → 日本諸宗請來目錄。